Il existe deux villages qui portent le nom des Verrières : l’un en France, l’autre en Suisse. Ces villages sont voisins et sont tous deux traversés par le tracé de ViaCluny.fr. Comme il n’existe pas ici de frontière naturelle à cet endroit, en 1153, des bornes sont placées entre les deux villages. Les Verrières, situées dans la seigneurie de Joux portent son nom ; les Verrières du Comté de Neuchâtel s’appellent alors les Verrières de Neuchâtel.
Les Verrières de Joux sont composées d’une vingtaine de hameaux dont les trois principaux ont formé le village actuel. À la fin du 13ème siècle, pendant les défrichements, les habitants obtiennent le droit de fabriquer de la poix avec les sapins sur leur territoire : utilisée pour le calfatage des fontaines ou des bateaux, elle se vendait très cher mais l’activité principale du village restait l’élevage et l’agriculture. A la fin du 18ème siècle, quelques horlogers apparaissent au village alors que l’horlogerie s’est déjà développée à Pontarlier et aux Verrières Suisse. De 1793 à 1900, environ 180 horlogers vont travailler au village, souvent « horlogers cultivateurs », dont 80 horlogères sur la même période.
La guerre de 1870 va être terrible pour le village, faisant de nombreux morts parmi les jeunes dans la force de l’âge. L’armée de l’Est acculée, en déroute, se réfugie en Suisse. La majeure partie des hommes passe la frontière aux Verrières : il entre alors en Suisse 87 847 hommes, dont 2467 officiers, 11 800 chevaux, 285 canons et mortiers, et 1158 voitures. « Un très grand nombre d’entre eux marchaient les pieds nus ou enveloppés de misérables chiffons ; leurs chaussures faites avec un cuir spongieux, mal tanné, et la plupart du temps trop étroites, n’avaient pu supporter les marches dans la neige et la boue … aussi beaucoup de ces malheureux avaient-ils les pieds gelés ou tout en sang. Les uniformes étaient en lambeaux et les soldats, s’étant appropriés tous les vêtements qu’ils avaient trouvés pour remplacer ceux qui étaient présentaient une bigarrure inimaginable. Plusieurs d’entre eux avaient encore les pantalons de toile reçus à l’entrée en campagne et grelottaient à faire pitié. »
L’horlogerie privée de bras, va disparaître après la guerre de de 1914-1918. Le village est aujourd’hui habité par des frontaliers qui travaillent en Suisse, mais aussi par des agriculteurs qui font paître leurs troupeaux dans les nombreux alpages de la commune.